O IC LEADER+ (2000–2006) aprofundou as estratégias de desenvolvimento local sustentável, incentivando a inovação e a cooperação entre setores. Nesta fase, a ADER-SOUSA apoiou projetos com forte impacto territorial e promoveu a articulação entre atores locais, reforçando a capacidade de planeamento e intervenção das comunidades rurais.